Гевара сохранил лидерство на старте, а Тони Арболино быстро поднялся на второе место и начал сокращать разрыв. За ними закрепился Филип Салач. Ровный темп первой тройки позволял сблизиться с лидером только за счёт позднего торможения.

В конце гонки Арболино атаковал Гевару, но тот перекрестил траекторию и вернул первую позицию. После широкого выхода из поворота итальянцу пришлось защищаться от Салача. Арболино удержал второе место, Салач финишировал третьим.
«Я счастлив, постарался хорошо справиться с давлением. Я увидел, что произошло с Ману, и постарался сосредоточиться на гонке. Хочу посвятить эту победу президенту Yamaha, который сейчас здесь, в Японии. Спасибо команде за победу и отличную возможность в чемпионате. Теперь нужно отпраздновать с командой», — сказал Исан Гевара после финиша.
Арболино отметил, что команда много работала, а он наконец добился результата и хорошо чувствовал мотоцикл. Салач назвал уик-энд удачным: это его пятый подиум сезона и второй подряд после этапа в Австрии.
Гонсалес остался без очков
На стартовой решётке мотоцикл Гонсалеса выключился после включения первой передачи. Менеджер гонщика Ровелли предположил, что причиной могла стать проблема со сцеплением.
Гонсалес стартовал с пит-лейна после того, как пелотон прошёл первый поворот, и начал гонку последним из 27 участников. Он быстро отыгрывал позиции и трижды показал лучший круг гонки, однако потерянное на старте время не позволило добраться до очковой зоны.
Несколько кругов атаки Гонсалеса сдерживал Милан Павелец, впервые выступавший в Мотеги. Двукратный победитель чемпионата Европы в классе Moto2 заменил травмированного Колина Вайера в команде Red Bull KTM Ajo Moto2.
За призёрами финишировали Иван Ортола и Давид Алонсо, шестым стал Челестино Вьетти. Серхио Гарсия, Тайё Фурусато и Марио Аджи упали. Аджи также упал на круге построения, но смог выйти на старт.
Положение в чемпионате
Победа позволила Геваре сократить отставание от Гонсалеса до 10,5 очка. Первая семёрка чемпионата после Гран-при Японии:
- Мануэль Гонсалес — 245,5 очка
- Исан Гевара — 235 очков
- Иван Ортола — 181,5 очка
- Давид Алонсо — 166 очков
- Дани Ольгадо — 154 очка
- Сенна Аджиус — 152 очка
- Филип Салач — 144 очка
Гонсалес сохраняет лидерство, но преимущество над Геварой теперь меньше очков за одну победу. В следующем году Гевара перейдёт в MotoGP по заводской программе Yamaha.

